Biologie structurale
Analyse géométrique de structures macromoléculaires au format PDBx/mmCIF. Gemmi interprète les données métier ; numpy, SciPy, NetworkX et Matplotlib portent les calculs et les rendus ; Catnip orchestre les sélections et les rapports typés.
Exemples
| Fichier | Modules | Description |
|---|---|---|
crambin_contact_map.cat |
gemmi, numpy, scipy, matplotlib | Carte de contacts Cα et diagramme de Ramachandran de 1CRN |
protein_ligand_neighborhood.cat |
gemmi, numpy, scipy, matplotlib | Poche géométrique de l'indinavir dans la protéase du VIH-1 |
residue_interaction_network.cat |
gemmi, numpy, scipy, networkx, matplotlib | Graphe de contacts de résidus et centralités pour 1CRN |
Exécution
catnip codex/structural-biology/crambin_contact_map.cat
catnip codex/structural-biology/protein_ligand_neighborhood.cat
catnip codex/structural-biology/residue_interaction_network.cat
Les figures sont écrites dans codex/structural-biology/output/ (backend Matplotlib sans fenêtre), puis — sans
--no-browser — ouvertes dans le navigateur via http.serve() (port local libre, une requête, puis arrêt).
--no-browser s'en tient au PNG, pour les environnements headless. Les exemples sont offline : les deux structures
PDBx/mmCIF nécessaires sont conservées sous data/.
Données et provenance
- PDB 1CRN : crambine, utilisée pour la carte de contacts et le réseau de résidus. Citation primaire : Teeter M.M. (1984), PNAS 81, 6014–6018, doi:10.1073/pnas.81.19.6014.
- PDB 1HSG : protéase du VIH-1 complexée à l'indinavir, utilisée pour l'analyse de voisinage protéine-ligand. Identifiant de structure : doi:10.2210/pdb1HSG/pdb.
Les fichiers de structure proviennent du RCSB PDB/wwPDB. Ils sont redistribués conformément aux règles d'utilisation du wwPDB, avec identifiants et citations conservés dans les fichiers et près des calculs.
Portée scientifique
Les seuils de contact et les classifications affichées sont des conventions géométriques documentées dans chaque fichier. Une proximité atomique, une région de Ramachandran ou une centralité de graphe ne suffit pas à établir une interaction chimique, une structure secondaire ou une importance fonctionnelle. Les rapports séparent donc les faits lus dans les fichiers, les mesures calculées et les interprétations heuristiques.